由于雅虎持有阿里巴巴的股权，微软收购雅虎成功的话，必然涉及阿里巴巴的股权变更事宜。自微软公布计划收购雅虎后，阿里巴巴对此事件从未公开发表过自己的意见，在保持了近半个月的沉默后，马云日前在阿里巴巴年度员工大会上表态，集团将一如既往地坚持独立自主发展的原则，不管微软雅虎此次并购结果如何，集团都不会改变对公司的领导和方向。

　　微软或成阿里最大股东

　　阿里巴巴集团的两大股东分别是雅虎和软银，其中，雅虎持有阿里巴巴39%股权，软银持有比例为33.5%，而马云创业团队合计持有上市公司的股份只有12.79%

　　在微软发出要约之前，雅虎有250多亿美元的市值，其财报里大概有一半市值来自雅虎日本和雅虎在阿里巴巴的资产，阿里巴巴给雅虎市值的贡献至少在三分之一以上。雅虎虽是阿里巴巴的最大股东，但阿里巴巴的经营权实际上一直控制在董事会主席马云领导的阿里巴巴管理层。一旦微软收购雅虎成功，以微软的规模和一向喜欢插手其他公司管理的传统，在获得雅虎掌控的阿里巴巴的股权后，某种程度上阿里巴巴会丧失话语权，其一直推崇的独立性会受到挑战和动摇。

　　而微软CEO鲍尔默之前在对如何处理雅虎投资的中国、日本业务时称，微软的基本策略是收购雅虎的全部股权，对雅虎的对外投资权益不会有任何变化，但随着微软对雅虎的介入不断加深，微软会有更多的想法。

　　显然，阿里巴巴已经意识到收购案的成功可能性很高，因此，集团已经聘请了法律专家和投资顾问，以评价此次交易对阿里巴巴产生的潜在影响。《华尔街日报》网站报道也称，中国监管机构已经与阿里巴巴取得联系，目的是想了解微软收购案对阿里巴巴产生的影响。